Donostiako Egia auzoan jaio zen Alfon (hala esaten diote lankide eta adiskideek). Familia erdaldun bateko hiru seme-alabetan erdikoa da, eta erdal giroan hazi zen harik eta gaztaroan, besteak beste Mikel Laboaren abestiek liluratuta, euskararekiko harrak piztu eta euskara ikasten hasi zen arte. Euskararako lehen urratsak 17-18 urterekin eman zituen, AEK-ko gau eskolan, eta Orexako Iriarte baserrian segitu zuen aurrera bide horretan, baserriko lanak egiten ikasteaz gainera.[4]
1982-1987 bitartean, Donostiako AEKn lan egin zuen, irakasle hasieran, eta AEK-ko Donostialdeko eraketa arduradun gisa azken hiru urtean. 1987-1990 bitartean, Udako Euskal Unibertsitateko kudeatzailea izan zen.[5] 1990az geroztik Elhuyarren lan egin du. Harluxet hiztegi entziklopedikoaren erredakzioburua izan zen 1995ean.[6]Teknopolis zientzia-dibulgazioko programaren erredaktorea (1999-2001) eta zuzendaria (2000-2002) izan zen gero. Eusko Jaurlaritzako Terminologia Batzordeko kidea da 2008tik eta Nafarroako Unibertsitateko Donostiako Tecnum Ingeniaritza Goi Eskolako irakaslea da 2017az geroztik.
Alfontso Mujika Euskaltzaindiako sarrera-hitzaldian
Euskaltzaindiak euskaltzain urgazle izendatu zuen 2006ko maiatzaren 26an[7] eta euskaltzain oso 2021eko azaroaren 26an.[4]EuskaltzaindikoExonomastika batzordeko kidea da 2002etik eta idazkaria.[8][9][10][5] 2021ko azaroaren hasieran euskaltzain oso izateko hautagai aurkeztu zuten; Ibon Sarasola emeritu izatera igaro ondoren, Mujikaren izan zen hutsune hori betetzeko aurkeztu zuten hautagai bakarra.[5]
2016tik, Euskara Batuaren Eskuliburua proiektuaren aholkulari eta ohargilea da. 2019an, Euskaltzaindiaren 100. urteurreneko biltzarrean, batzorde horretan sortutako Kale eta karrika izenen eskuliburua aurkeztu zuen, bai eta Euskara batuaren aulkia hirugarren hankatik herren ponentzia ere.[11][12]
2005: Onomastika: irizpideak (EIMAren estilo liburuaren hirugarren atala)
2008: Letra larriak erabiltzeko irizpideak (Alfontso Mujika egile bakarra da)[17]
2008: Eraikinetako instalazioen kalkuluak eta oinarrizko arauak. I. liburukia. Instalazio hidraulikoak, gas erregaizko instalazioak eta aireztapen-instalazioak.
2019: Kale eta karriken izenak hautatzeko eta idazteko irizpideak[11][18]
Gainera, beste hainbat eta hainbat liburutako testua zuzendu du, eta artikulu ugari idatzi ditu hiztegigintzaz eta terminologiaz. Inguma datu basean 34 ekarpen jasota dauzka. horien artean 8 liburu itzuli eta 19 artikulu.[19]
2013: diariovasco.com saria jaso zuen Elhuyar Hiztegiak webguneak. Sei sari banatu zituen Diario Vascok eta Euskaraz egitea edo euskara ikastea ahalbidetzen duen webgune onena kategoriakoa eman zioten Elhuyar Fundaziokoei.[20][21]
↑Abizena Mujika idaztea, euskal herritar horren aukera pertsonala da. Izan ere, Euskaltzaindiak, euskara baturako, Muxika onartu du deitura horren grafiatzat. Ikus Euskal Onomastikaren Datutegia.